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功能基因组学

Functional Genomics

课程编号： X10002 开课教研室： 生物信息学教研室

学 分： 1学分

开课学期： 第1学期 总学时数： 20学时 主讲教师： 李霞

教材名称： 生物信息学

出 版 社： 人民卫生出版社

出版时间： 2010年

课程简介： （150-200字） 主 编： 李霞

功能基因组学是后基因组研究的核心内容，它强调发展和应用整体的（基因组水平或系统水平）实验方法分析基因组序列信息阐明基因功能，特点是采用高通量的实验方法结合的大规模数据统计计算方法进行研究，基本策略是从研究单一基因或蛋白上升到从系统角度一次研究所有基因或蛋白。随着功能基因组实验研究的深入，大量的数据不断涌现，生物信息学将在功能基因组学研究中的扮演关键角色。

教学目的：掌握和了解基因功能预测的计算方法，对功能基因组研究的理论和前沿问题有初步的了解。

教学重点及要求掌握的内容：

一、功能基因组学概述（1学时）

1．功能基因组学研究的主要方向

2. 功能基因组学研究的主要方法和理论

二、基因功能预测的计算方法 （13学时）

1．基于DNA和蛋白质序列的功能预测

2. 基于蛋白质结构的功能预测

3. 基于基因组信息和进化分析的功能预测

4．基于基因表达分析的功能预测

5. 基于蛋白质网络和系统生物学的功能预测

三、功能基因组学前沿文献讲读（6学时）

1. Protein networks in disease

2. The model organism as a system: integrating ‘omics’ data sets

3. Human disease classification in the postgenomic era: A complex systems approach to human pathobiology

4. Network-based classification of breast cancer metastasis

5. Comparing flux balance analysis to network expansion: producibility, sustainability and the scope of compounds

参考书目及文献：（参照下列例子格式）

1．李霞、李亦学，《生物信息学》，人民卫生出版社，2010年。

2．Protein networks in disease

3．The model organism as a system: integrating ‘omics’ data sets

4. Human disease classification in the postgenomic era: A complex systems approach to human