各种生物信息学软件都有

三、网络可视化与分析软件 Cytoscape及其插件（16学时）

1. 简介 Cytoscape是一个开源的生物信息软件平台，它可以对分子互作网络及生物学通路

进行可视化分析，并且可以根据需要将网络相关的注释信息、基因表达谱和其他类型的数据整合到网络中。

2. 主要功能

a) 可视化蛋白质互作、转录调控网络

b) 对网络进行基础分析，如度，聚类系数等

c) 对网络进行模块划分

3. 实例分析 从任意一互作数据库中下载互作数据，并从GEO上下载一套case/control表

达谱数据进行差异表达分析，最后利用软件把差异表达基因在映射到互作网络中并进行可视化。

4. 插件介绍 BiNGO，APCluster，MCODE，OmicsAnalyzer，NetworkAnalyzer，

RandomNetworks

参考书目及文献：

1. Durinck, S., Moreau, Y., Kasprzyk, A., Davis, S., De Moor, B., Brazma, A. and Huber, W.

(2005) BioMart and Bioconductor: a powerful link between biological databases and microarray data analysis, Bioinformatics, 21, 3439-3440.

2. Maere, S., Heymans, K. and Kuiper, M. (2005) BiNGO: a Cytoscape plugin to assess

overrepresentation of gene ontology categories in biological networks, Bioinformatics, 21, 3448-3449.

3. Shannon, P., Markiel, A., Ozier, O., Baliga, N.S., Wang, J.T., Ramage, D., Amin, N.,

Schwikowski, B. and Ideker, T. (2003) Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks, Genome Res, 13, 2498-2504.

4. Xia, T. and Dickerson, J.A. (2008) OmicsViz: Cytoscape plug-in for visualizing omics data

across species, Bioinformatics, 24, 2557-2558.