蛋白质甲基化主要修饰精氨酸、赖氨酸残基，但也修饰谷氨酸、组氨酸、天冬氨 酸等其它残基。由于在多个残基上都可以被修饰、有的残基如赖氨酸还能被多达 三个甲基修饰，所以在蛋白质组学分析中鉴定甲基化肽段，需要在数据库检索中 设臵很多可变修饰，这使检索空间急剧扩大，导致甲基化修饰的肽段很难被可信 的鉴定出来。在Mann等人发展了一种重甲基SILAC技术中，细胞代谢使[13CD3] 蛋氨酸转化为细胞唯一的甲基供体

[13CD3]SAM(S-腺苷甲硫氨酸)，从而使标记的 样品中的所有甲基化肽段与没有标记的样品中的甲基化肽段有了一定的质量差 别。当标记的样品与不标记的样品混合时，在质谱中成对出现的峰就是甲基化的 肽段，从而将其与大量的非修饰肽区分出来。Mann等人利用这种技术鉴定了59 个精氨酸甲基化位点。最近我们改进了这一方法，直接利用合成的

[13CD3]SAM 进行代谢标记，可以使鉴定的甲基化蛋白质超过100个。 二、 采用遗传与代谢组的方法系统研究与代谢相关的蛋白质的修饰的 调控网络及其对代谢组的作用。 1. 采用自上而下式的思路研究蛋白乙酰化 过程失调对相关蛋白功能、 代谢调控通路、 代谢产物及整体生化网络的系统影响。 利用建立的代谢组测定方法（GC-Tof/MS，NMR），测定正常及肿瘤细胞胞质 中的代谢物组成，研究肿瘤细胞代谢特征及寻找肿瘤相关特异代谢物谱；正常及 肿瘤细胞中比较过表达去乙酰化酶基因、去乙酰化酶抑制剂SAHA干预条件下的 特征性代谢通路/网络变化；比较肿瘤细胞及正常细胞对乙酰化调控的反应；研 究蛋白乙酰化异常导致代谢变化与肿瘤细胞生长间的关联；通过对不同剂量 SAHA干预条件下细胞代谢谱动态分析，描述蛋白乙酰化对代谢过程影响的动态 特征；在分子水平发现能刻画肿瘤特征的代谢模式、特征（修饰）蛋白表达谱以