基金会与企业的合作伙伴关系还有待于进一步完善；第三，我国基金会的营业性收入比例太低，仅占总收入的6%左右。这一收入结构的后果是基金会在资金方面依赖于其他部门，从而形成了发展的瓶颈。事实上，作为非营利机构并不等于不能盈利，只是收入所得不得进行成员分红，必须用于公益事业。如1993年美国慈善性非营利性组织的收入来源中，服务收入的比重占71.3%，政府捐赠仅占8.2%，私人捐赠仅占9.9%[?]；第四，收入结构过于单一化，限制了基金会资金的来源。

总之，在教育基金会中资金结构趋于单一化给基金会的发展代来了很大的问题，特别是大部分资金都是定向性资金，阻碍了高校教育基金会的灵活发展；有的高校基金会甚至只能依靠校友来维持生存，甚至有的高校在联系校友出资方面都十分困难，这种筹资渠道的单一化也容易造成资金在分配方面的困难。

（四）资金投资风险化

自1984年以来，各大学将获得的捐赠用于投资的收益在2001年第一次出现缩水。根据对 610所大学所进行的年度调查的数据显示，2/3的捐赠的价值下降了，平均下降3.6%。2001年，美国股市再现熊市，许多主要股票均大量跌价，标准普尔500综合指数下降了14.8%，投资于股市的各大学捐款纷纷贬值。捐赠资产在10亿美元以上的大学的损失最小，回报率为—1.6%，尽管如此，跟上年相比，这已经是直线下滑了。上年大的捐赠平均增值达29.2%，有些捐赠的增殖率甚至是平均数的两倍。捐赠资产在5亿～10亿美元之间的大学损失最大，平均损失5.2%。捐赠投资收益率的减小，导致大学的财政吃紧，许多大学不得不重新调整预算，紧缩开支。