基于RNA-seq技术的肝细胞肝癌转录组学研究

博士研究生：刘寒强

导 师：陈志南 教授/院士

指导老师：邢金良 教授

第四军医大学基础部细胞生物学教研室/细胞工程研究中心，西安 710032

中文摘要

在全基因组层面上阐明基因及外显子的表达水平，尤其是鉴定新的剪

接异构体，RNA-seq具有独特的优势。迄今为止，利用RNA-seq对HBV

相关HCC的转录组分析尚未报道。在本项目中，基于Solexa/Illumina GAII

测序平台读长36bp单末段测序方法，我们首次对10个HCC患者配对的癌

及癌旁组织的转录组进行了测序分析。研究结果表明：每一个测序通道，

平均产生了21.6百万测序读数及10.6百万配齐读数，这些读数覆盖了已注

释基因的50%以上，能够满足后续的数据分析。此外，基于HCC转录组数

据库，我们进一步通过基因表达水平分析发现了1,378个差异表达基因及

24,338差异表达的外显子，功能分析表明它们主要参与了细胞生长、代谢

及免疫应答，这些结果初步揭示了HCC发生机制的复杂性。染色体定位分

析发现差异表达的基因大部分位于染色体8q21.3-24.3。最有意义的结果是：

通过外显子的分析获得了序列的变异信息及新的转录本信息。最后，我们

鉴定了ATAD2基因存在有一个新的exon-exon junction，且在HCC癌组织

中显著上调，并利用实时定量PCR进行了验证。总之，我们从基因及外显