学过程中发挥重要作用，如蛋白质合成及降解、蛋白质细胞定位、参与

mRNA的稳定性及翻译、mRNA选择性剪接及降解、rRNA的甲基化修饰

及假尿嘧啶化加工、DNA端粒合成及细胞寿命的调控、染色体复制、染色

体表观遗传修饰等[21, 22]。转录组与基因组显著不同的是，其具有特定的

时间性和空间性，即同一细胞在不同的生长周期及生长环境下，其基因表

达情况不完全相同[23-25]。

研究某一特定组织或细胞中的转录组，首先需要了解以下几个关键问

题：在该特定组织或细胞中选择性剪接体及非编码RNA的类型及拷贝数；

全部转录本的时空表达模式，即在同一组织中不同细胞类型及不同环境下

的表达差异；参与基因表达过程的调控因子（转录因子等）及其调控机制；

转录调控的作用靶点及其对基因表达的影响；靶基因表达对相关生物学功

能及生物学行为的调控作用。

近年来，随着“后基因组”时代的来临，高通量技术的迅猛发展（尤

其是第二代测序技术），在收集、整合及数据挖掘的基础上全面系统的研究

转录组成为可能。在肿瘤分子机制研究领域，利用转录组学的理论及技术

研究恶性肿瘤的转录组信息，系统全面阐明其基因表达调控规律，构建其

基因调控网络，已经成为目前肿瘤研究领域的热点。

2 转录组学研究的传统方法

2.1 表达序列标签技术（Expressed Sequence Tags，EST）

EST技术直接起源于人类基因组计划。人类基因组数量巨大（约

3×109bp，25,000多个基因）且复杂（如外显子、内含子的区别、大量重复

序列等），因此对全基因组进行测序非常困难[26]。Venter等在1991年提出

了EST技术[27]。EST本质上就是对应于mRNA的cDNA上的一段末端序

列片段，能够代表基因组上特定的识别位点。长度超过150bp（通常长度约

300-500bp）的ESTs是可信度极高的基因特征序列，能够用于在近源物种

中寻找基因家族的新成员；在不同物种间寻找功能相同的基因；探索已知