（一）碱裂解法

碱裂解法简单、重复性好而且成本低，是使用最广泛的方法。在NaOH提供的高pH（12.0～12.6）条件下，用强阳离子去垢剂SDS破坏细胞壁，裂解细胞，与NaOH共同使宿主细胞的蛋白质与染色体DNA发生变性，释放出质粒DNA。尽管碱液能破坏核酸的碱基配对，但CCC质粒DNA因缠结紧密而不会解链。只要不在碱性条件下变性太久，当pH调至中性时，CCC质粒DNA就可重新恢复其天然状态。裂解后，细胞壁碎片与变性的蛋白质和染色体DNA形成大的复合物，这些复合物在高钾盐条件下，可有效沉淀，而质粒DNA保留于上清中。直接通过无水乙醇沉淀质粒DNA，并用70%的乙醇洗涤，其纯度可满足DNA测序与PCR等实验的要求。

碱裂解法是一种适用范围很广的方法，能从所有的大肠杆菌（E.coli）菌株中分离出质粒DNA，制备量可大可小。

（二）煮沸裂解法

煮沸裂解法是将细菌悬浮于含Triton X-100和溶菌酶的缓冲液中，Triton X-100和溶菌酶破坏细胞壁后，沸水浴裂解细胞的同时可破坏DNA链的碱基配对，并使宿主细胞的蛋白质与染色体DNA变性，但CCC质粒DNA因结构紧密不会解链。当温度下降后，CCC质粒DNA可重新恢复其超螺旋结构。通过离心去除变性的蛋白质和染色体DNA，然后回收上清中的质粒DNA。

煮沸裂解法是一种条件比较剧烈的方法，对于大质粒（>15kb）有明显的剪切作用，故只能用于小质粒DNA（<15kb）的制备。该法能用于小质粒DNA的小量与大量制备，并且适用于大多数的E.coli菌株。由于糖类很难去除，而且糖抑制限制性酶和聚合酶的活性，故该法不适用于在去污剂、溶菌酶和加热情况下可释放大量糖类的E.coli菌株，如HB101及其衍生菌株（TG1）。另外，煮沸不能完全灭活核酸内切酶A（endonuclease A，endA）的活性，故表达endA的菌株亦不适用于本法。在细菌培养过程中，加入氯霉素可抑制细菌的蛋白合成和细菌分裂，有利于质粒DNA的选择性扩增。

（三）SDS裂解法

大于15kb的质粒DNA容易因细胞裂解和后继操作而遭到破坏，因此需要温和的裂解方法。SDS裂解法是将细菌悬浮于等渗的蔗糖溶液中，用溶菌酶和EDTA处理以破坏细胞壁，去壁细菌再用SDS裂解，从而温和地释放质粒DNA到等渗液中，然后用酚/氯