Primer Premier 5.0中文使用说明书

如果您是搜索杂交探针则相应参数如下图

Manual Search手动搜索及引物设计原理

在过去十年中为获得高效扩增PCR方法得到的很大发展我们对引物稳定性二级结

构和适宜长度的了解使得我们在保证引物特异性的前体下大大提高了引物的扩增效率而PRIMER PREMIER 软件的搜索法则很好的维持了高效性和特异性之间的平衡引物长度

引物的长度控制着引物的特异性和在PCR反应中的退火温度对越多数实验适宜引物长度为18到24

个碱基等于或少于15

碱基的短引物有时用于简单的基因作图或特殊的文库构建

library protocol28到35碱基的长引物对于从一系列高度相关的分子中扩增序列和特殊样本的克隆能起到重要作用长PCR引物能给扩增带来更好的特异性长引物也允许您通过降低退火温度来能提高反应的灵敏度不过长引物通常更易于形成包括发卡结构二聚体自身互补等二级结构理论上在合适的融链温度范围内最短的引物能在特异性和高效性间获得较好的平衡PRIMER PREMIER

已经包含了合适的引物长度范围

如果您改变了它们软件将会自动记录并在下次使用直到您再次改变它们

因此您最好根据不同实验的特殊要求输入合适的长度范围

PRIMER PREMIER

以最短的指定长度开始搜索引物如果找到的引物的Tm值小于设定范围或GC含量不符合要求它将给引物增加一个碱基长度并重新计算Tm值和GC含量看其是否符合要求如果引物长度达到最大值还不能符合要求则该引物将会被剔除这种搜索机制保证找到的引物是符合Tm值和GC含量要求的最短引物

为设计一条高效引物

有几个参数必须考虑PRIMER PREMIER搜索所考虑的参数依次如下Tm

融链温度

PRIMER PREMIER

根据相邻二碱基对作用理论

nearest neighbor theory

来计算融链