Primer Premier 5.0中文使用说明书

FAST/APPROXIMATE模式的序列比较参数

这种同源性评分是由一种快速粗略的通用比较方法计算得来的

方法用以快速获得序列比较结果1只计算准确配对的部分

k-tuples2只计算最佳配对的情况它包括4项参数有两种

K-TUPLE SIZE

这是默认的准确配对的片段长度

增加这一数值可以提高运行速度对

减少这一数值则可以增加灵敏度对于较长的于蛋白序列最大值为

2对于DNA最大值为

4序列例如大于1000字符您可能需要增加默认值GAP PENALTY这是快速比较种每个空隙的罚分影响不大若非设定成很大的值对比较的速度TOP DIAGONALS在一个虚拟的点划分分析法中需要计算的在每个对角线上使用的k-tuple配对数量

在比较中只有最佳配对的情况才会被使用由这项参数指定其数量增加这一数值可以提高运行速度减少这一数值则可以增加灵敏度

多序列比较参数这些参数控制最终的多序列比较每个多序列比较包括多个双序列比较的过程按照预定

顺序依次进行

相应的基本控制参数有两种空隙罚分

gap penalty以及位置同源或替代的权重系数

scores for various identical/nonidentical residues1和2GAP PENALTY由菜单选项1和2控制它们设定空隙以及空隙长度造成的罚分增加空隙罚分可以减少比较结果中空隙的数量加空隙长度的罚分可以使空隙更短末端的空隙不会被罚分

增3

DELAY DIVERGENT SEQUENCES

打开这一选项将会先比较同源性高的序列后比较同源性较低的序列该项数值即将特定同源性百分数设定为阀值低于该同源性的序列将会推迟比较4

The TRANSITION WEIGHT

为碱基转换A<>G或C <>T即嘌呤之间和嘧啶之

间的替换设定从0到1的权重系数系数0

意味将碱基转换看作一个完全的错配系数1意味将其看作一个完全的配对

对于远源序列建议将其设置为

而对于同源性较高的序列将这一系数适当增加会有好处

5

PROTEIN WEIGHT MATRIX

该选项可以打开一个让你选择权重矩阵weight

matrices的菜单对于蛋白质分析默认的矩阵是由Jorja和Steven Henikoff 创建的BLOSUM系列矩阵请注意是使用一系列矩阵

因为到底使用哪一个矩阵取决于序列之间的同源程度进化差异不同所使用的矩阵也不同6DNA WEIGHT MATRIX该选项打开一个菜单选择一个而不像蛋白分析那样是一系列核酸权重矩阵默认的一个是BESTFIT用来比较核酸序列的矩阵

7

在权重矩阵中

如果您愿意可以使用正值也可以使用负值

MATRIX负值权重矩阵选项系统将默认使用正值8PROTEIN GAP PARAMETERS蛋白序列空隙参数选项如果不使用NEGATIVE可以打开一个菜单让您可