信号通路相关文献挖掘与分析方法研究第ｌ章绪论到了生物学家的认同，也唤起了一大批生物学研究领域以外的专家的关注。美国《科学》周刊还在２００２年３月登载了系统生物学专集１６】。该专集导论中的第一句话这样写道：“如果对当前流行的、时髦的关键词进行一番分析，那么人们会发现，‘系统’高居在排行榜上．”

系统生物学研究本身就不是单一的，是一个周期循环的过程，它以已有的实验知识网络为基础，以计算机和数学为手段，推进后续实验的进行，大大提高实验效率，离开了他们就不会有系统生物学。也许正是基于这一考虑，科学家把系统生物学分为“湿”的实验部分（实验室内的研究）和‘吁”的实验部分（计算机模拟和理论分析）。“干”与“湿”的完美结合才是真正的系统生物学。系统生物学研究范围极其广泛，至少包括分子生物学研究、高精度综合测量技术、系统动力学分析、计算机科学（如仿真、高性能计算）以及软件工具等关键领域。

系统生物学的基本工作流程可以分为一下四个阶段ｎ：

搜集信息，建立系统模型

选定的某一生物系统，了解和确定系统所有组分。包括基因之间、蛋白质之间、基因与蛋白质之间的相互作用、生化通路的网络和代谢途径，以及细胞内和细胞问的作用机理，比如细胞的代谢网络、信号转导网络、基因调控网络的结构与功能等。描绘出该系统的结构，建立一个初步的系统模型。特别要指出的，系统生物学需要全面、精确的数据。量化的测量不仅要覆盖生物系统的诸多特征、参数，而且需要满足系统动力学分析所需的精细的时空粒度，比如，传统生物学实验通常仅测量特定事件的变化前后，系统生物学需要整个时间序列的测量。

假设条件，测试系统模型

首先是“干涉”，就是指系统地改变被研究对象的内部组成成分（如基因突变）或外部生长条件，然后观测在这些情况下系统组分或结构所发生的相应变化，包括基因表达、蛋白质表达和相互作用、代谢途径等的变化，并把得到的有关信息进行整合。

分析验证，改进系统模型

把通过实验得到的数据与根据模型预测的情况进行比较，并对初始模型进行修订。循环运行，优化系统模型