信号通路相关文献挖掘与分析方法研究第ｌ章绪论

转录组可以提供特定条件下的基因表达信息，并据此推断相应未知基因的功能，揭示特定调节基因的作用机制。通过这种基于基因表达谱的分子标签，不仅可以辨别细胞的表型归属，还可以用于疾病的诊断。通过正常人群和患者的转录组差异的比对，可以筛选出与疾病相关的具有诊断意义的特异性表达差异，建立差异表达谱，用于疾病的诊断，从而能尽早地，甚至在出现临床症状之前就对疾病进行诊断，并开始干预治疗。转录组的研究应用于临床的另一个例子是可以将表面上看似相同的病症分为多个亚型，尤其是对原发性恶性肿瘤，通过转录组差异表达谱的建立，可以详细描绘出患者的生存期以及对药物的反应等等［２１。研究生物细胞中转录组的发生和变化规律的科学就称为转录组学（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｉｃｓ）。目前用于转录组数据获得和分析的方法主要有基于杂交技术的芯片技术包括ｃＤＮＡ芯片和寡聚核苷酸芯片，基于序列分析的基因表达系列分析ＳＡＧＥ（ｓｅｒｉａｌａｎａｌｙｓｉｓｏｆｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）１３Ｊ等。

２．蛋白质组（ｐｒｏｔｅｏｍｅ）

某种生物所能表达的所有蛋白质称为蛋白质组，即一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质的总和ｆ４】ｏ

蛋白质是生物功能的主要体现者，有其自身特有的活动规律，仅仅从基因的角度来研究它是远远不够的，例如蛋白质的修饰加工、转运定位、结构变化、蛋白质与蛋白质的相互作用、蛋白质与其它生物分子的相互作用等活动，均无法在基因组水平上获知。蛋白质组的研究不仅能为生命活动规律提供物质基础，也能为众多疾病机理的阐明及攻克提供理论根据和解决途径。通过对正常个体及病理个体间的蛋白质组比较分析，我们可以找到某些“疾病特异性的蛋白质分子”，它们或者成为新药物设计的分子靶点，或者能为疾病的早期诊断提供分子标志。在整体水平上研究细胞内蛋白质组分及其活动规律的新学科就称为蛋白质组学（ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ）１４１。蛋白质组学通过各种大规模技术研究蛋白相互作用和蛋白修饰变化等，最重要的工具就是质谱仪。

３．代谢组（ｍｅｔａｂｏｌｏｍｅ／ｍｅｔａｂｏｎｏｍｅ）

代谢组学是通过考察生物体系受刺激或扰动前后（如将某个特定的基因变异或环境变化后）代谢产物图谱及其动态变化，来研究生物体系的代谢网络的一种技术，研究对象主要是针对分子量１，０００以下的内源性小分子网。与转录组学和蛋白质组学等其他组学比较，代谢组学具有以下优点：（１）基因和蛋白表达的