隋炀帝三次派人去台湾。一为607年《隋大业三年》，派羽骑尉朱宽、海师何蛮到台湾“宽慰抚之”；二为608年派朱宽“慰谕”台湾；第三次是610年，炀帝令虎贲中郎将陈棱、朝靖大夫张镇州，率兵万人自义安（今广东省潮州）出海至琉球（即台湾），“进至其都”。连横认为中国经略台澎始于隋。他提出：“若其（中国）经略台湾，则详见于隋书琉球传也”；隋朝“尝遣虎贲陈棱略澎湖地”，“是为中国经略澎湖之始”。 南宋乾道7年（1171年），泉州知州汪大猷曾遣军民屯住澎湖。宋理宗宝庆元年（1225年）赵汝适著《诸番志》记栽：“泉（州）有海岛，曰澎湖，隶晋江县”。

元朝时，加强了对台湾和澎湖的管辖。1291年（至元28年），元世祖忽必烈派宣抚使杨祥、礼部员外郎吴志斗“招谕”台湾，1297年（元贞三年），福建省都镇抚张浩、福州新军万户张进率军至台湾，1335?1340年间，元政府在澎湖设巡检司，管理其庶政，隶属于福建省泉州同安县。《元史》文苑传中说：“陈信惠，晋江人，曾任澎湖巡检”。 明代，朝廷为了守土抗倭的需要，加强了台澎一线的国防防卫。1563年（嘉靖42年），明政府恢复了一度废止的澎湖巡检司，万历25年，元廷决定增设澎湖游兵，春冬汛守。1602年，明军在福建都司沈有容率领下，主动出击，大败侵台日军，并将其逐出台湾。记述这次战争的《平东蕃记》称：沈有容率军从澎湖抵台湾，倭寇“望见我军，出舟迎敌，将军率诸将士殊死战，无不一当百，贼大败；尽出辎重，投之于海，令我军拾而姑少缓师；我军无一人取其秋毫，战益力，斩馘火攻，须臾而尽。东蕃夷酋（台湾高山族酋长），扶老携幼，竞以壶浆、生鹿犒王师，咸以手加额，德我军以扫荡安缉也”。1617年（明万历45年），明政府下令戍澎湖。明朝末期政府在正式公文上开始使用“台湾”之名。在此期间，明军分别于1604年和1624年，将侵入澎湖的荷兰军队驱逐出去，保卫了国家疆土的完整统一。

明郑时期进一步加强了对台澎的治理，到清朝将台湾划为一省，对它的经营治理更进入了一个新的历史阶段。

1624年，荷兰军队入侵台湾，在今台南市建立城堡，并将其势力向北部、东部扩张。1662年2月1日（农历12月13日）郑成功驱逐荷兰殖民主义者并建立政权，台湾进入明郑时期。郑成功将荷兰统治时的政治经济中心普罗民遮城即赤嵌城，改称东都明京，根据中国的郡县制度，在台湾设一府两县。府为承天府，以赤嵌城为府治，县一为万年，一为天兴。两县在各自治地查验田园册籍，征纳税银，开展地方行政工作。同时，在澎湖设安抚司，派重兵戍守。郑成功虽奉明为正朔，但他承认“台湾者中国之土地也”，“岛屿上的居民都是中国人，他们自古以来占有并耕种这一土地”，所以郑成功收复台湾被连横认为是“台湾复为中国有矣”，称赞其“伟人之功大矣哉！”多少年来广大台湾同胞视之为保护神，直到近年有的民众在参加环保等社会运动时，还高举着郑成功的塑像，祈求其保佑他们实现自己的愿望。

1683年（清康熙22年），清廷福建水师提督施琅率军人台湾，郑成功之孙郑克?投降，台湾重新纳入中央政权统一管辖之下。清政府在统一台湾之初，采纳施琅的意见：“台湾虽一岛，实腹地数省之屏蔽”，“弃之必酿成大祸，留之诚永固边疆”，遂提出：“台湾弃取，所关甚大。 弃而不守，尤为不可”，从而决意下大力气经营台湾。1684年，康熙帝下诏：废除明郑时期台湾的行政体制，按清制重设郡县，将台湾置于福建省之下，与厦门同属分巡台夏兵备道。于台湾设置一府，称台湾府，府下管台湾、凤山、