砧用南瓜种质资源形态学性状与SSR标记分析(4)

发布时间:2021-06-08

1382 园 艺 学 报 41卷

1.2 植物基因组DNA的提取与PCR扩增

2013年9月,在南京农业大学生科楼的塑料拱棚内进行穴盘基质育苗,每个品种30株。幼苗

一叶一心时取第一片真叶,每品种取样10株。样品液氮速冻后,贮存于–80 ℃冰箱内待用。

采用植物基因组DNA提取试剂盒DP305-03(天根生化科技有限公司)提取叶片总DNA。1%

琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量,epporf Bio Photometer plus核酸分析仪测定样品DNA浓度,稀释

至50 ng · µL-1备用。

选取144对SSR引物(由Oligo公司合成)进行特异性引物筛选(Gong et al.,2008;王冬杰,

2013),选用5个差异较大品种的DNA作模板。选择条带清晰、有差异带和重复性好的引物,用于 全部砧用南瓜样本的分析。

PCR反应体系为20 µL,包括:50 ng · µL-1 DNA模板1.0 µL,10 × Ex Taq Buffer(Mg2+ free)

2.0 µL,25 mmol · L-1 MgCl2 1.5 µL,2.5 mmol · L-1 dNTP Mixture 1.6 µL,10 µmol · L-1正反向引物各 1.0 µL,2.5 U · µL-1的r Taq 0.2 µL,以及ddH2O 11.6 µL。溶液分装在eppendorf epMotion 5070移液 工作站上进行。PCR扩增在Biorer Life Express PCR仪内进行,程序为:95 ℃预变性5 min,94 ℃ 变性1 min,退火(温度随引物的不同而改变)1 min,72 ℃延伸1 min,38个循环,72 ℃延伸10 min 后立即置于冰水混合物中,冷却后置于4 ℃冰箱中保存待测。采用JY-JX7垂直电泳槽(北京君意

东方电泳设备有限公司制造),在8%非变性聚丙乙烯酰胺凝胶中对扩增产物进行电泳分离。电泳结 束后银染,用GE Image Scanner Ⅲ 图像扫描系统(德国)观察并照相记录。

1.3 谱带统计及数据分析

记录易于辨认的多态性位点。扩增产物按同一迁移位置上条带在各个材料中的有(记为1)、无

(记为0)进行统计(不具多态性的条带不予统计),建立数据矩阵。SSR标记的变异的多样性指数 H’ ),是根据所有材料中等位基因出现的频率计算的(刘超,2012):H =–ΣPi lnPi。其中,Pi ( ’

表示第i个等位基因出现的频率。利用NTSYS-pc 2.11软件,计算材料间的遗传相似性系数,根据

非加权算术平均法(UPGMA)进行聚类分析,构建系统进化树。

Xδ形态学性状的数据分析参照尚建立等(2012)的方法,数量性状根据平均值( )和标准差( )

δ ,中间每级相差0.5δ分为10级,1级 < X –2 δ ,10级 ≥ X + 2 。各性状的遗传多样性采用Shannon’s

H’ )进行评价: H ’=–ΣPi lnPi,Pi表示第i种变异类型出现频率,用所有相应的各个性 信息指数(

状 H ’的平均值表示一组或所有种质的遗传多样性程度。采用Excel计算各性状的最大值、最小值、 平均值、极差和变异系数,采用SPSS 20.0进行方差分析和显著性测验,采用NTSYS-pc 2.11软件

进行UPGMA聚类。

2 结果与分析

2.1 形态学性状遗传多样性分析

47份砧用南瓜种质资源质量性状分布及多样性情况见表2,多样性指数的变化范围为0.18 ~

1.45,平均值0.79。其中,多样性指数最高的质量性状为嫩瓜皮色,主要以浅绿色(频率31.91%)、 绿色(21.28%)、深绿色(19.15%)为主。共有8个质量性状的多样性指数大于1.00,包括嫩瓜皮

色、瓜形、主蔓色、瓜面斑纹、叶面白斑、叶形、嫩瓜斑纹、嫩瓜斑纹色。瓜形的多样性指数为1.44, 主要为扁圆形(19.79%)、近圆形(25.53%)和梨形(17.02%)。40.43%的种质的主蔓颜色为深绿色。 瓜面斑纹以块状为主,占所有种质的48.94%。50%以上种质(51.06%)没有叶面白斑。大部分种质

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