基因工程是把双刃剑，在给人类带来众多福利的同时也带来了许多显性的以及潜在的危害。

基因工程对人类有利方面在上文中已经详细的阐述过，这里我们着重了解基因工程的负面影响。

国内外学者对转基因技术的负面影响作了大量研究，出现了许多相关报道，如英国的权威科学杂志《自然》刊登了美国康奈尔大学副教授约翰 罗西的一篇论文，可推测BT转基因玉米花粉中含有毒素，引起世界震惊。另据报道，英国伦理和毒性中心的实验报告说，与一般大豆相比，耐除草剂的转基因大豆中，防癌的成分异黄酮减少了。与普通大豆相比，两种转基因大豆中的异黄酮成分减少了12％～14％。

1.可能危害有益昆虫类群

大量转基因农作物转入了Bt毒蛋白基因作为其抗虫的外源基因，虽然其表达产物Bt毒蛋白对人类无害，但若是以农作物为食的害虫消失殆尽，以这些害虫为食的益虫也将遭受灭顶之灾了。长期大面积种植这种作物可能会对有益昆虫类群造成难以挽回的危害，一旦这种现象发生，不仅会对农业造成危害，也将是对生态环境的沉重打击。

2.可能导致土壤肥力下降和化肥的滥用

大量种植以抗杂草基因作为外源基因的转基因作物，要是田间无杂草的生长枯萎腐烂,长此以往会使土壤中自然的腐殖质逐渐消耗殆尽，使土壤本身的肥力下降，为了保证产量，农民不得不大量使用化肥，从而导致土壤结构的改变，土质的恶化以及环境（主要是水）的污染。

3. 转基因食品的其他安全性问题

食用转基因食物，有可能被转基因DNA侵入人体细胞，产生病原病毒。同时，转基因DNA有可能插入人体细胞的基因组，由于插入位点的随机性，可能造成有害和致死效应，包括癌症。

基因多样性是最难控制的，转基因技术是否对人类所处的生态环境，食物链等形成间接的影响也确实应该引起人们的注意。从营养成分的基因改良角度考虑,