食品安全性也是转基因植物安全性评价的一个重要方面。1993年，经合组织提出了食品安全性评价的实质等同性原则。如果转基因植物生产的产品与传统产品具有实质等同性，则可以认为是安全的。若转基因植物生产的产品与传统产品不存在实质等同性。则应进行严格的安全性评价。一般考虑以下几个方面：

4.1毒性评价

对转基因食品毒性评价的原则是：转基因食品不应比其他同种可食食品含有更多的毒素。从理论上讲，任何转基因导入的方法都可能导致GMO产生不可预知的或意外的变化。对于转基因食品，首先应判断其与现有食品有无实质等同性。对关键营养素、毒素和其他成分进行比较。若受体生物有潜在的毒性，还应检测其毒素成分有无变化，插入基因是否导致了毒素含量的变化或产生了新的毒素。对新食品及产品与现有食品、成分的化学组分的比较，可更好地对潜在效应进行估计。同时进一步做安全性评估如：采用动物饲喂试验或其他毒性试验。动物饲喂试验必须根据评价目的进行设计。甚至进行临床试验，以适应对新的转基因食品的安全性评价需要。对GMO毒性的评价还应当考虑其环境生态效应。模型动物的选择应有广泛代表性，而不仅限于哺乳动物¨。

4.2过敏性评价

食物过敏是一个全世界关注的公共卫生问题。食物过敏是指对食物中存在的抗原分子的不良免疫介导反应。很多从非转基因植物衍生的食品可能在人群中的某个人身上引起过敏反应。针对转基因食品的