化的白鱀豚馆，一个图书情报与信息中心（馆藏26万余册，期刊2千多种和完善的网络信息系统），中国生物多样性内陆水体分部和中国生态系统网络水体分中心也挂靠在水生所，形成了合理的科学研究与技术支持相结合的完整体系，具有很强的科学创新的物质基础。

研究机构 水生所目前拥有四个研究中心即水生生物多样性与资源保护研究中心、淡水生态研究中心、渔业生物技术研究中心、水环境工程研究中心，一个国家重点实验室（淡水生态与生物技术国家重点实验室），一个开放台站（东湖湖泊生态系统开放试验站），一个国家工程中心（国家淡水渔业工程技术研究中心武汉中心）。

研究成果 建所72年来，水生所始终十分重视基础理论的探索、基础资料的积累。为适应国民经济发展的需要，从50年代相继在长江中下游以及全国范围开展湖泊调查；60年代起，先后以武汉东湖等典型湖泊为基地，持续进行了40年的湖泊生态学和渔业生态学研究，80年代以来，面对我国淡水资源日益紧缺的现状和大水面渔业出现的问题，我们又提出大水面渔业必须以保护水质为前提，把湖泊生态环境优化作为大水面渔业的主要研究内容和首要的追求目标等。在80年代揭示出银鲫天然雌核发育和异精效应现象；在世界上首次培育出转基因鱼，完成国内第一例克隆脊柱动物，世界上唯一人工饲养的水生哺乳动物白暨豚已健康生活21年之久；培育出的养殖鱼类新品种异育银鲫、全雌鲤、高体形异育银鲫等在全国近30个省市区推广；藻类在外层空间环境的适应与功能研究项目曾5次成功搭载我国返地式卫星遨游太空；污水处理技术已在我国南方很多地区得到推广应用。在淡水生态、水生生物多样性与资源保护、渔业生物技术和水环境工程研共取得科研成果近600项，其中有160多项荣获国家、省部级等奖励。编著出版了《中国鲤科鱼类志》、《中国鞘藻目专志》、《中国淡水鱼类养殖学》、《东湖生态学研究》等专著78部，发表科学论文近2000篇。

人才培养 中国科学院水生生物研究所是我国首批具有博士、硕士学位授予权的单位，并有研究员任职资格和博士生导师审定权；有权授予在职人员硕士学位，经报批可授予在职人员博士学位。设有生物学博士后流动站。现设有水生生物学、遗传学专业、环境科学三个博士点和水生生物学、遗传学、环境科学、动物学四个硕士点。从1978年我国恢复研究生招生制度，水生所已招收培养研究生518名，其中博士生204名，硕士生314名，为我国现代化建设培养了一批品学兼优的高级人才。