因为在一些地方，紧紧依靠种植业的发展，难以获得比较高的经济收益。世界经济的全球化和中国加入WTO，既为中国生态农业的发展提供了新的机遇，也使之面临着新的挑战。为适应这一新的形式，生态农业的发展还有许多的问题有待解决，而其中，农业的产业化无疑是一个极为重要的方面。从另外一个方面来看，人口问题一直是中国社会发展中的主要问题之一。据估计，到2030年前后，中国人口将达到16亿人。土地资源相对短缺，耕地面积还在不断减少，而人口在继续增加，农村剩余劳动力的转移也已经成为困扰农村地区可持续发展的一大障碍。为了解决这一问题，也必须通过在生态农业中延长产业链、促进农业的产业化水平来实现。

（六）组织建设存在着不足

在生态农业的发展过程中，组织建设是一个重要方面。正如世界环境与发展委员会在其报告《我们共同的未来》中所指出的那样，新的挑战和问题的综合与相互依赖的特征，与当前的组织机构的特征形成了鲜明的对比。因为这些机构往往是独立而片面的，与某些狭隘决策过程密切相关。中国当前的生态农业，也同样存在这种组织建设的不足。

（七）推广力度不够

虽然生态农业有着悠久的历史，政府也较为重视，但仍然没有在全国范围内得到推广。101个国家级生态农业县与全国相比是一个非常小的数字。因为从总体而言，沉重的人口压力，对自然资源的不合理利用，生态环境整体恶化的趋势没有得到根本的改善，农业的面源污染在许多地方还十分严重。水土流失、土地退化、荒漠化、水体和大气污染、森林和草地生态功能退化等，已经成为制约农村地区可持续发展的主要障碍。从某种程度上说，目前的生态农业试点，还只不过是“星星之火”，还没有形成“燎原”之势。

生态农业是指在环境与经济协调发展思想的指导下，按照农业生态系统内物种共生，物质循环，能量多层次利用的生态学原理，因地制宜利用现代科学技术与传统农业技术相结合，充分发挥地区资源优势，依据经济发展水平及"整体、协调、循环、再生"原则，运用系统工程方法，全面规划，合理组织农业生产，实现农业高产优质高效持续发展，达到生态和经济两个系统的良性循环和"三个效益"的统一。中国生态农业是具有中国特色的可持续的现代化农业。

生态农业模式的类型很多，主要有以下三个类型：

（1）时空结构型。这是一种根据生物种群的生物学、生态学特征和生物之间的互利共生关系有合理组建的农业生态系统，使处于不同生态位置的生物种群在系统中各得其所，相得益彰，更加充分的利用太阳能、