实验九__总RNA的提取(6)
发布时间:2021-06-08
发布时间:2021-06-08
总RNA的提
Taq 酶(2U/μl) 1 μl
(2)加入适量的ddH2O,使总体积达50 μl。轻轻混匀,离心。
(3)设定PCR程序。在适当的温度参数下扩增28-32个循环。为了保证实验结果的可靠与准确,可在PCR扩增目的基因时,加入一对内参(如G-3-PD)的特异性引物,同时扩增内参DNA,作为对照。
(4)电泳鉴定:进行琼脂糖凝胶电泳,紫外灯下观察结果。
(5)结果分析:采用凝胶图像分析系统,对电泳条带扫描分析。
注意事项:
1. 在实验过程中要防止RNA的降解,保持RNA的完整性。在总RNA的提取过程中,注意避免mRNA的断裂。
2. 为了防止非特异性扩增,必须设阴性对照。
3. 内参的设定:主要为了用于靶RNA的定量。常用的内参有G-3-PD(3-磷酸甘油醛脱氢酶)、β-Actin(β-肌动蛋白)等。其目的在于避免RNA定量误差、加样误差以及各PCR反应体系中扩增效率不均一各孔间的温度差等所造成的误差。
4. PCR不能进入平台期,出现平台效应与所扩增的目的基因的长度、序列、二级结构以及目标DNA起始的数量有关。故对于每一个目标序列出现平台效应的循环数,均应通过单独实验来确定。
5. 防止DNA的污染:
(1)采用DNA酶处理RNA样品。
(2)在可能的情况下,将PCR引物置于基因的不同外显子,消除基因和mRNA的共线性。
附注:
(1) -actin 引物序列:
sense 5-ACCATGGATGATGATATCGCC-3
antisense 5-GTGCCAGATTTTCTCCATGTC-3
片段长度 264(71-334)
(2)目的基因GAPDH引物序列
sense 5' ATGGGGAAGGTGAAGGTCGG 3'
antisense 5' CAGGGGTGCTAAGCAGTTGG 3'
片段长度:480(103-582)
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