内含子长度的情况下，原始算法和改进算法在Ｅ１上获得读段定位数量的对比。实验结果表明，改进算法在有效减少执行时间的同时，并不会大幅度降低定位敏感度，即不会大量丢、失正确定位位置。在定位搜索空间设置为４００ｂ５００ｂｐｐ的情况下，最终所得的读段定位数量并没有明显变动。因此通过融入生物信息可以选择相对小的搜索空间，从而减少算法执行时间，具体情况如表２所列。

改进算法所得到的读段定位　表２　不同大小定位搜索空间情况下，

数量对比

）搜索空间大小（ｂｐ

参考序列名称

１Ｇ０３０６０．１ＡＴ　ＡＴ１Ｇ０５５７０．１　ＡＴ１Ｇ２７１８０．１　ＡＴ１Ｇ４２４７０．１　ＡＴ１Ｇ４８０９０．１　ＡＴ１Ｇ５０１４０．１　ＡＴ１Ｇ５６１３０．１　ＡＴ１Ｇ５６１４０．１　ＡＴ１Ｇ８００７０．１　Ｇ８０４１０．１ＡＴ１　

１００　

００２　

３００　

４００　

５００

［：３］ＷａｎＫ，ＳｉｎｈＤ，ＺｅｎＺ．ＭａＳｌｉｃｅａｃｃｕｒａｔｅｍａｉｎｏｆ　　ｇｇｇｐｐｐｐｇ　　　

］ｓＲＮＡａｄｓｆｏｒｓｌｉｃｅｕｎｃｔｉｏｎｄｉｓｃｏｖｅｒＪ．ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓｅｒｅ－　　　　　ｐｊｙ［ｑ　：，（）１７８Ｒｅｓ２０１０，３８１８

［］王曦，汪小我，王立坤，等．新一代高通量ＲＮＡ测序数据的处理４

（）：］生物化学与生物物理进展，与分析［８０，３７８８３４Ｊ．２０１４６－，，，ｏＷａｋｕｎｅｎＬｉｔａｌ．ＡｎｅｗｅｎｅｒａｔｉｏｎａｎＸｉＷａｎＸｉａｏＷ－ｗ－　　　ｇｇｇｇ　　　ｔｈｒｏｆｈｉｈｏｕｈｕｔＲＮＡｓｅｕｅｎｃｉｎｄａｔａｒｏｃｅｓｓｉｎａｎｄａｎａｌ－－　　　　　ｇｇｐｑｇｐｇｙ　　，：［］ｓＰｒｏｒｅｓｓｉｎＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒａｎｄＢｉｏｈｓｉｃｓ２０１０，３７（８）ｉｓＪ．　　　ｇｙｐｙ　８４６３４８－

［］Ｈ５ｏｍｅｒＮ，ＭｅｒｒｉｍａｎＢ，ＮｅｌｓｏｎＳＦ．ＢＦＡＳＴ：ａｎａｌｉｎｍｅｎｔｔｏｏｌ　　　　　　ｇ

［］，（）：ｆｏｒｌａｒｅｓｃａｌｅｅｎｏｍｅｒｅｓｅｕｅｎｃｉｎＪ．ＰＬｏＳＯｎｅ２００９，４１１　　　　　ｇｇｑｇ７６７７

［］Ｓ６ｍｉｔｈＴＦ，ＷａｔｅｒｍａｎＭ　Ｓ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｃｏｍｍｏｎｍｏｌｅｃｕｌａｒ　　　　　　

［］，（）：１ｓｕｂｓｅｕｅｎｃｅｓＪ．ＪＭｏｌＢｉｏｌ１９８１，１４７１１９５９７－　　ｑ

，：［］ＤｅａｎＪＧｈｅｍａｗａｔＳ．ＭａＲｅｄｕｃｅＳｉｍｌｉｆｉｅｄｄａｔａｒｏｃｅｓｓｉｎｏｎ７　　　　ｐｐｐｇ　

：［］（）１５０１３７ｌａｒｅｃｌｕｓｔｅｒｓＪ．ＡＣＭ，２００８，５１１－　ｇ

［］杨晓亮．８ｅｄｕｃｅ并行计算应用案例及其执行框架性能优化ＭａＲｐ

研究［南京：南京大学，２０１Ｄ］．２

ＹａｎＸＬ．ＴｈｅＡｌｉｃａｔｉｏｎＣａｓｅＳｔｕｄｏｆＭａＲｅｄｕｃｅＰａｒａｌｌｅｌ　　　　　　ｇｐｐｙｐ　　ＣｏｍｕｔａｔｉｏｎａｎｄｔｈｅＯｔｉｍｉｚａｔｉｏｎｏｆｉｔｓＲｕｎｔｉｍｅＦｒａｍｅｗｏｒｋ　　　　　　　ｐｐ［：，Ｄ］．ＮａｎｉｎＮａｎｉｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔ２０１２ｊｇｊｇｙ　

［］Ｓ：９ｃｈａｔｚＭ　Ｃ．ＣｌｏｕｄＢｕｒｓｔｈｉｈｌｓｅｎｓｉｔｉｖｅｒｅａｄｍａｉｎｗｉｔｈ　Ｍａ－　　　ｇｙｐｐｇｐ　　

［］，（）：Ｒ１ｕｃｅＪ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ２００９，２５１１１３６３９ｅｄ３６－

［］涂金金，杨明，郭丽娜．基于Ｍｄｕｃｅ的基因读段定位算法ａＲｅ１０ｐ

（）：［］模式识别与人工智能，２１２４，２７３２０６Ｊ．２０１－

，ＴＭ，ＧｕｏＬＮ．ＧｅｎｅＲｅａｄＭａｉｎＡｌｏｒｉｔｈｍｓｕＪＪＹａｎ　　　　　　ｇｐｐｇｇ　　［］ＢａｓｅｄｏｎＭａＲｅｄｕｃｅＪ．ＰａｔｔｅｒｎＲｅｃｏｎｉｔｉｏｎａｎｄＡｒｔｉｆｉｃｉａｌＩｎ－　　　　　　ｐｇ，（）：ｔｅｌ２１２ｌｉｅｎｃｅ２０１４，２７３２０６－ｇ

［：］刘鹏．开启通向云计算的捷径［北京：实战Ｈ电子工１Ｍ］．１ｏｏａｄｐ

业出版社，１０１２

：ｏｅｎｔｈｅｓｈｏｒｔｃｕｔｔｏｔｈｅｃｌｏｕｄｃｏｍｕｔｉｎＬｉｕＰｅｎ．Ｈａｄｏｏ　　　　　　　ｇｐｐｐｇ，：［Ｐｒｅｓｓ２０１１ＥｌｅｃｔｒｏｎｉｃｓＩｎｄｕｓｔｒＭ］．Ｂｅｉｉｎ　ｙｊｇ　

［］王立坤．吉林：吉林大学，１２２ＲＮＡ２０１ｓｅＤ］．－ｑ数据的处理与应用［

［ｋｕｎ．ｓｅＤａＬｉａｎｄＡｌｉｃａｔｉｏｎｏｆＲＮＡＷａｎＰｒｏｃｅｓｓｉｎｔａＤ］．－－　　　ｑｐｐｇｇ　　　，：２ＪｉｌｉｎＪｉｌｉｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔ２０１　ｙ

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