NCBI基因序列数据库使用和检索方法

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将基因序列按不同生物进行分类，用户可以按生物类属检索不同种类的基因序列。

4 . 5 Par s 1. i wie BLAsr

B A T2Sq ecs两个基因序列和蛋白序列进行相 L S eune对似性比较的工具。

S utr:生物大分子 3 t cue r D结构数据库，同时也是显示和分析生物大分子三维结构和进行比较分析的工具，该数据库收录了来自蛋白数据库 P B中蛋白生物大分子。 D

4 16 G n mcB A Tpgs用 B A T对 1子库进行检 . . c o i L S ae利 LS 2个索如：Hu n ma,Mos,R t uurbps等。 ue a,F g re u4. . S e il e L S a e 17 p ca zd B A T p g s i

4利用 B A T系统进行序列相似性检索的方法 L SN B提供的 B A T相似性

检索系统是专门用于检索核 CI LS

Sei i dB A T允许用户对研究领域进行检索 pc le L S azV c c e n B . T b s d d tc o fv c o o tmi a o e S re - I AS . a e ee t n o e tr c na n t n i i

酸和蛋白序列并将之与所选的 N B序列数据库中序列进行 CI相似性比较的检索工具。B A T系统的运算机制不同于全 LS序列比较，该系统的设计要注重平衡运算速度和增加系统非同源序列的敏感性，注重通过序列片段的某些区域来测定共有的相似序列片段的序列之间的关系。所以，B A T LS. B U不仅仅是一个通过序列排队比较测定序列的同源性简单工具，而且也是通过序列片段的相似性来对序列的结构和功能进行比较的工具。序

V ccen基于 B A T的用于测定载体序列污染的程 cSre LS序，解决公共基因数列数据库中载体序列污染的问题。IB A TA a s fm ngou ns I￣ g L S - nI imuol l cU￣ o bi x i eB n nG n ak

lB A r析 B nG n据库的免疫球蛋白序列的程 gL S分 ak e k数T a e B A T A a e 0 l e rc o s s e is o舶 I rc L S - p g F血n d f rs - p ce 0 i4. . Rer v e ut i q e t I 18 t e e r s l w t a Re u s ) i s h I

4 1选择 B A检索程序 . LB A T系统为用户提供了几种不同的序列检索、比较 LS和分析程序，用户可以根据需要进行选择。

对已有 I检索号的检索策略进行检索。 I )4. . Jv S r t re B A T p g s 1 9 a a c p fe L S a e i G tteB AS o a e wt a aS rp rel k e h L T h mep g h J v cit e i s i f n

检索时，首先用鼠标点击 N B主业导航条中的 B A T CI LS选项，进入 B A T检索系统主页，其中列出了所有 B A T LS LS

5利用 Enrz系统检索序列信息的方法 teE t是一个用于通过主题途径检索 N B数据库检索 nr s e CI系统，提供的

检索数据库包括：核酸数据库、蛋白质数据库、大分子结构数据库、完整基因组装数据库。该系统主要提供通过数据库提录信息或关键词进行检索。

检索程序，下面分别进行介绍。4. . Nu l o d IA T 11 ce f e B . S i

S n a ul f en e o d L S[l t]标准核酸 t d r n e o d-ul f eB A T b s a d ei ei an序列检索程序 ME A L S特大核酸序列检索程序 C B AT S a hf hrnal xc ma hs核酸短序列检索程 er o sot er eat t e c r y c序4. . P oe n B .S 12 r ti I T A

参

考

文

献

[]胡德华 .基因库的 Et浏览检索[]高校图书馆 1 ne r s J.工作，19,1,( ) 1 3 99 9 3:2—2 .

[]李晓玲 .美国 N B网站基因数据库使用和检索[] 2 CI J.现代图书情报技术，2O,( ) 2 - 3 O2 2:4 _ 4 .

Po i L S是专门用于进行蛋白序列相似性检索的 rtnB A r e

系统，其中包括三个检索程序：S na re -re L S b s]标准蛋白序列相 t dr p tnp tnB AT[lt a d oi o i ap似性检索程序 P I n H . L S蛋白序列检索程序，该检索程序 S. dP IB A T a对重复保守片段给与很高的相似性得分，增加了比较的敏感性。

[]高东怀 .网络应用与生物医学信息检索[ .西安： 3 M]第四军医大学出版社。2O . O 2

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S a hf hr nal eat t e蛋白短序列相似性 er r ot er xc m c s c os y h a检索程序4 1 3 T a sae L r S a c e . . r n l td B e rh s

(种中国荷斯坦奶牛 )纯位于五台山绿色牧业奶牛养殖基地现有奶牛 380 .,因乳业疲软，全部低价急售，小母牛 ( 0￣头 3~

Tas t L S erhs rnl e B A TSace是专门用于进行翻译序列检索 ad的系统，包括三个检索程序：

1 8月 ) 130~380,头胎怀牛40 0—480, 0 0元 0 0元

N c o d ur P

o i b[l t]将一核酸序列翻译 ul t eq e -rtn d ba x ei y e s的所有阅读框与一蛋白序列数据库进行比较，用这种方法可以找到某一已知核算序列所有可能的翻译产品。

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Poe ur Tasa dd tl t]将一蛋白序列与一 rti q e -rnlt b[ a n n y e h s核酸序列库中动态翻译的所有阅读框进行比较。 N c o d e -r s t b[ h t]将一核酸序列的 ul t eq r Ta l e d t s e i u y n ad h x每 6个阅读框翻译与一核酸序列数据库中 6个阅读框翻译进行比较。4. . S ac o rC E eW 14 e r hf O L l e q d S ac e Co s r e o i tb s e r h t n e v D man Da a e h d a g P S BA S R-I T

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