虽然普通质粒很多时候也能达到实验效果，但是质粒转染具有效率低，作用时间短暂性等缺点。病毒的出现解决了质粒这些问题，常用的病毒主要有慢病毒和腺病毒，慢病毒常用质粒见 addgene（lentiCRISPR v2，lentiGuide-Puro，lentiCas9-Blast），慢病毒可以整合入宿主基因组中，长期稳定的表达（汉恒生物提供 CRISPR/cas9 慢病毒包装），但是由于慢病毒克隆能力有限而 CAS9 本身

分子量比较大（大于 4kb），且长期插入可能导致乱切，脱靶等，同时慢病毒包装最终获得的滴度不高等原因，腺病毒更有优势，腺病毒克隆能力强，获得的病毒滴度也高。同时相对于普通质粒来说，作用是时间也比较长，可以达到更理想的敲除效果。

技术优缺点：

CRISPR （）是细菌用来抵御病毒侵袭/躲避哺乳动物免疫反应的基因系统。RNA引导Cas9核酸酶可在多种细胞（包括iPS） Rudolf Jaenisch 研究组将Cas9与Te1和sgRNA。 他们将Cas9/sgRNA 与带ES细胞ZFN/TALEN相比，CRISPR/Cas更易于操作，而且可以在不同的位点同时引

由于技术稳定成熟，可以对小鼠和大鼠的基因组序列进行各种饰，仍将是模式动物的构建的主要技术。 核酸酶ZFN/TALEN 尤其是CRISPR/Cas技术如果能解决脱靶效应的话，有可能会广泛应用于小鼠，大鼠及其他模式动物的制备和研究中，成为传统的转基因和基因打靶技术的重要补充。