1、有的部门、乡镇对县级报账制的认识不够。根据上级的有关规定，对部分强农惠农资金的管理采取县级报账的方式。即资金不通过乡镇财政，由区直相关各部门直接对项目进行管理；项目资金的拨付，由有关各部门按一定的程序审核后，从财政的国库或财政专户直接拨付到施工单位。这种方式减少了资金流转的环节，也杜绝了乡村两级挪用专项资金的现象。但是，有的部门不把工作重点放在对项目的监管上，而是一味追求资金的拨付进度，有时还会与施工单位一道虚报工程进度，把监管的矛盾全部推到了财政部门；有少数乡镇领导对县级报账制不理解，不愿参与对这一部分项目的监管，甚至为县级报账制项目的实施设置障碍：有的干预招投标；有的还向施工单位收取高额的所谓“管理费”，人为增大项目的建设成本或影响了项目的工程质量。

2、对项目监管的尺度不一。虽然同属国家财政资金，但由于上级的主管部门不同，而对项目管理的要求也有差别。有的要求严，有的要求松。我们区级的项目主管部门的监管尺度也不一样。例如农村劳动力转移培训项目中：劳动部门的“金蓝领工程”；农业部门的“阳光工程”；扶贫部门的“雨露计划”等，虽然培训对象一样，但管理办法却不同。一些乡镇或施工单位因此不理解，甚至误解了财政部门的一些业务股室，还以为是故意为难他们。

3、竣工验收决算的标准不统一。由于对不同来源的项目资金的管理办法不一样，有的要求严格的工程决算审核制度，有的又没有这个要求。例如：国土部门的土地整理项目；水利部门的小型农田水利项目；农业综合开发部门的土地治理项目等；有时会出现同时在一个地方实施的两个不同项目的同一类工程的建造成本不一样的情况。这样的决算明显缺乏客观性。