同源建模工具easymodeller4.0 操作说明

easymodeller是modeller的图形操作界面,方便同源建模

EasyModeller 4.0 使用说明----By Xm 中科院昆明动物研究所 2014.3.11

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Before using需要安装的软件： Python(2.5,2.6,2.7系列均可，3系列不可)

Modeller() Easymodeller 4.0 RasMol (windows版 ) Office Excel

*以上软件都能在官网或网站上下载，软件需要安装在C盘默 认路径下，easymodeller 需安装在modeller目录下，所有 安装路径中都不要出现中文！!

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同源建模的基本步骤1、模板蛋白搜索：PDB数据库、BLAST(或PSI-BLAST) 、获取模板(一个或多个)

2、比对结果的校正 3、主链生成 4、环区建模 5、模型优化 6、合理性检测

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模板.pdb文件准备选择align结果中的蛋白， 就可以找到相应的蛋白3D 结构，下载pdb文件即可

同源度，>30% 时方可用 与目标蛋白 序列同源的 蛋白

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Start using

右击，win7或vista系统下 选择“以管理员身份运行”

出来的界面

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①目标氨 基酸序列， 无空格， 需全部大 写 ②导入模 板PDB文 件 ③勾选需 要比对的 模板 ④点击开始比 对选中的模板

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⑤点击，align模板

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⑥点击，align模板 和目标序列

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⑦点击，生成模型

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⑧选中生成的模型， 进行预览

⑨对模型显示进行 设置

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点击，选择 (可多选)

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点在蓝色区域内大于 90%时该模型才算好 模型