DnaSP使用说明(翻译)(8)
发布时间:2021-06-08
发布时间:2021-06-08
DnaSP使用说明(翻译)
Tajima's D 统计将序列分离位点数和两两序列差异平均数的估计进行对比。在固定规模的试验群体中,如果这两个估计值相等,则只存在遗传漂变;反之,则是存在另一种选择方式影响了群体基因序列。
Tajima's D 统计值为正值时说明序列进化方式为平衡选择,且有一些单倍型分化;负值时为负向选择。
(Tajima Test(Tajima’s D)是由日本学者Fumio Tajima在1989年提出的。该检验的目的是鉴定目标DNA序列在进化过程中是否遵循中性进化模型。进行Tajima检验时,要求提供至少由三条同源序列组成的alignment。Tajima检验将计算并标准化目标序列alignment中每条序列的分离位点数目(number of segregating sites)以及每条序列的核苷酸多样性的值。如果这两个值在统计上被认为差异显著,则拒绝零假设(the null hypothesis),认为目标序列的进化不遵循中性模型,反之,则接受零假设,认为目标序列在进化上遵循中性模型。
实际计算时,Tajima定义了D,作为统计检验量,因此该检验又被称为Tajima’s D。
在实际工作中,可以用软件MEGA 4或DnaSP很方便的进行计算。)