1985年，即河海学校建校70周年时，华东水利学院更名为河海大学，恢复了“河海”传统校名，邓小平亲笔题写校名。1995年，河海大学80周年校庆时，江泽民为学校题词：“面向未来，开拓进取，进一步发展水利教育事业”，李鹏、李岚清、钱正英等党和国家领导人也为学校题词，对学校的事业发展予以肯定、寄予厚望。2005年10月23日，学校90周年大庆，温家宝总理视察河海大学发表重要讲话并提出“献身，求实，负责”六字要求，对学校寄予了殷切期望。[2]

2009年11月24日，教育部、江苏省人民政府共建河海大学协议签字仪式在河海大学隆重举行，河海大学成为江苏省第四所教育部、江苏省共建高校。[4]

河海大学曾长期是水利部所属高校，2000年划归教育部管理，2001年、2005年、2011年，教育部与水利部三次签订共建河海大学协议。[2][5-6]（图册：[7-9]）

1986年河海大学在江苏省常州市设立分校，后改为校区。常州校区是河海大学具有较完整办学功能的重要组成部分，是学校建设高水平特色研究型大学的重要支撑。校区地处江苏省苏锡常经济高速发展地区，位于常州国家高新技术产业开发区，与常州市行政中心比邻，占地436亩。[11