最小基因组与生命起源(2)

发布时间:2021-06-08

基因平行转移的特点,美国科学家伍斯(C.Woese)在1998年提供了一个全新的理论来解释“第一个基本的共同祖先”.即这种原初的祖先并不是一个具有特定基因组的个体,而是一个许多彼此分享基因的个体组成的群体。也就是说,“第一个基本的共同祖先”并不是一个特定的完整的个体,而是一个有着各式各样遗传背景的原始细胞群体.它们作为一个完整的生命单元一起生存和演化[2】。在这种群体中,没有垂直性的遗传.主要依靠的是基因平行转移的方式。渥斯认为,在这个最早期的生命王国里,人们看到的是,“在细胞的海洋里到处浮动着基因和其产物”。

不久前。渥斯在他的关于“第一个基本的共同祖先”是一个群体的理论基础上,提出了早期细胞进化的模型【3】。最初的原始细胞的构成非常简单并非常松散,其细胞的所有组成成分很容易通过基因平行转移的方式进行改变或取代.从而基因平行转移方式成为早期细胞进化的主要动力。这种原始细胞的进化的基本单位是群体,以一个生态系统(ecosystem)作为一个整体进行演化。当这些原始细胞的构成变得相当复杂和相互关联后,原始细胞的演化进入了一个Il缶界点;在这个临界点上,细胞的各成分出现了高度的整合,新性状可以通过垂直的方式形成和传递。伍斯称这个临界点为“达尔文式阈值”(Da刑inianthreshold),因为原始细胞一旦过了这个关口.就开始形成了位于达尔文系统进化树“根部”的真正的细胞。

最小基因组

尽管“第一个基本的共同祖先”通过在细胞群体间采用基因平行转移的方式分享基因和其产物而回避了“最小基因组”的难题。但研究者依然想知道“最小基因

组”的大小和基本组成。生殖道支原体(肘如Dp如釉

舻凡it耐iMm)是一种寄生细菌,它的基因组是目前已测定的物种基因组中最小的一个,仅有468个基因。科学家将它的基因组与另外一种细菌流感嗜血杆菌

(日凹,加p^iZ哪i胡獬陀∞)的基因组序列进行了详细的

比较,发现有240个生殖道支原体基因与流感嗜血杆菌基因存在垂直同源性(orthologs),因此认为最小基因组需要大约250个基因【4】。

这里要注意,离开环境单独讨论最小基因组毫无意义,必须要把生物生存的外部环境作为基本的边界条件。一般认为,最小基因组的生物个体应该生存在具有所有基本的营养成分和没有环境压力的条件下。在这种环境下的最小基因组的主要组成部分如下:(1)一个几乎完整的翻译系统;(2)一个基本上完整的DNA复制机

 

器:(3)一个进行DNA重组和修复的系统;(4)具有4个RNA聚合酶亚单位的转录装置;(5)一组参与蛋白质折叠的分子伴侣蛋白;(6)完整的无氧中间代谢途径;(7)辅酶合成途径;(8)蛋白质转运机器问。

最小基因组的确定除了通过用计算手段比较基因组以外,另一个重要的途径是采用实验的手段。早在比较基因组方法出现之前,美国科学家伊塔亚(M.I—tava)就利用基因剔除方法。在细菌枯草芽孢杆菌

(口nc垅ws如扰厶)基因组上随机敲除了79个基因,通

过分析这些基因剔除品系是否存活来探讨最小基因组。他的结果与后来利用计算和比较基因组方法得到的非常接近阿。另一位著名的科学家文特(C.Venter)也采用基因剔除的办法,对上面所说的生殖道支原体的基因逐个进行敲除。并检查其存活情况。文特研究组利用实验的手段表明。生殖道支原体有可能只需要265到350个基因就可以生存同。这个结果与比较基因组方法得到的也非常接近。

但是,采用逐一敲除的方式来确定最小基因组有着一个很大的缺陷。例如有一组基因,敲除其中的某一个时并不影响个体的生存,似乎这些基因并不是必需的;但如果把一组基因全部敲除后,个体将死亡。目前生物学家只能做到同时敲除两个基因。显然。若考虑在300个基因这样一个数目上基因的排列与组合.采用基因敲除的方法来寻找必需基因是很难做到的。因此,文特提出了一个截然不同的实验方法:人工合成基因组,即通过人工设计和合成基因的方法来构造最小基因组(详见《科学》2004年第3期第23页)。

对于几十亿年前的生命,人们通常用化石来证明它们的存在。而对于建立在基因平行转移机制上的“第一个基本的共同祖先(群体)”,从逻辑上讲则不可能得到直接的证据。然而,这一理论有助于我们理解“基因平行转移”在生命进化中扮演的角色,同时它使我们在理解最小基因组时有一种新的思路。最小基因组的确定则不仅有助于研究生命的起源。而且有助于人工合为重大。

J,引以sc如,lce,1996,273:1058

C.mc.^乜ZAc以&i吣A,1998,蛄:6854C.跏c.^kfAcndsci删,2002,螂:874

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AR,K00面nE

V。丹。c删4c甜&i己酗,1996,93:10268

A,e£以&ie聊e,1999,2嘶:2165

2004年9月(56卷5期)

成全新的生命。后者对今天的生命科学工作者意义更【1】Bult

【2】Woese【3】Woese

嗍MusllegiaIl【5】Itaya

【6】C1yde关键词:基因平行转移细胞起源最小基因组

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