聚合酶链式反应技术

光基团与淬灭基团，当Amplifluor被掺入到扩增产物中后，其茎环状结构被打开，产生荧光。Jordens等人将其应用于HPV的分型检测。同TaqMan中的分子灯标相比，Amplifluor技术不足之处是不能区分特异性与非特异性的PCR产物。Scorpion为一修饰的Amplifluor，可以降低本底而优于TaqMan和分子灯。三种形式的分子灯标在应用方面的不足之处就制备较困难，成本较高。

2 连接酶链式反应（LCR）

在LCR中，一对寡核苷酸探针杂交到靶DNA的相邻序列上，之间形成的缺口被连接酶所连接，再由连接产物的引物进行温度循环扩增。此方法的最大优点就是可用检测基因突变。FDA已批准该类试剂盒 用于检测沙眼衣原体，具有与PCR一致的检测灵敏度。

LCR最近也被应用于微阵列芯片。靶核酸被杂交捕获后，等位基因特异性的探针被连接到一荧光标记的探针，等位基因特异的探针在5´端有一段外加序列用来捕获DNA微阵列上的LCR产物，从而对带有荧光的产物进行测定。这种技术结合了液相LCR的特异性与通用型阵列的多重性，进一步拓宽了LCR的应用。

3 链替代扩增反应（SDA）

little M等人结合SDA与实时荧光发了新一代DNA探针系统，即BDProbeTecET。采用标记两种不同荧光基团的探针，在SDA过程中，该探针被掺入到双链扩增产物中，由限制内切酶的酶沏使淬灭基团与荧光基团分开，从而释放荧光。此系统用于病原体的检测，最低可检测到10-15个脑膜炎双球菌或沙眼衣原体。

Westin L等人将SDA扩增技术应用于微电子芯片中，在一个电场中，生物素标记的引物被固定到微阵列上，另一电场中，靶核酸被杂交捕获，并在原位进行SDA反应，产物在电场作用下被定引物捕获。尽管扩增与杂交捕获过程中有信号丧失，但还是可以达到一定的灵敏度（104拷贝）。

4 依赖核酸序列的扩增（NASBA）

NASBA主要用来检测HIV的病毒载量，最近不同实验小组将其与其它检测方法比较得出了不同的结果，看来对该方法有待进一步的评价。

5 转录介导的扩增（TMA）

TMA是一种利用RNA聚合酶和逆转录酶等温反应条件下来扩增RNA或DNA的系统。主要产品为Gen-Probe,其检测沙眼衣原体与结核分枝杆菌的试剂盒已得到FDA批准上市。最近研究表明，该方法用于HIV的定量检测，灵敏度高于RT-PCR和bDNA方法。

6 枝链核酸信号放大系统(bDNA)

该系统是目前本实验室的在研课题，其信号放大是通过碱性磷酸酶（AP）标记的探针杂交结合到一个树枝状核酸枝状体上而实现的。在条件稳定的情况下，其检测灵敏度主要取决于信号的显示体系。Chiron公司采用AP的发光底物1，2-二恶二酮（dioxetane），用发光检测仪来测量其发光强度，灵敏度大大提高。

尽管RT-PCR是唯一FDA批准用来定量分析血清HIV的技术，但bDNA方法在临床实验室也是经常利用的，并且最近的研究报道Bdna3.0在线性范围上（100-500000拷贝/毫升）优于RT-PCR。BDNA技术应用的最大限制就是灵敏度不够高（与PCR相比）。为了解决这个问题，Capaldi等人将DNA枝状体作为一个反应平台，结合到技状体上的寡核苷酸在DNA聚合酶作用下延伸和外切，产生大量的无机焦磷酸（ppi）,在酶促作用下ppi可转变为ATP，ATP可通过荧光素酶酶促产生荧光信号来定量。此方法灵敏度可达到5zmol(10-21mol),接近于PCR。