mapmaker_3应用及辅助软件使用

　　　　　　　　　　　南　京　林　业　大　学　学　报　　　　　　　　　　　　　　　第23卷　第3期最大图距为50.00。使用格式:group〈最小LOD〉〈最大图距〉

(5)compare。该命令是对某个特定的序列计算最大似然值,并从大到小排出前20个(默认值)最优位点顺序图

(6)map。该命令是对指定的某连锁群最优位点的顺序排列进行作图,计算两两标记间的图距,单位为厘摩(cM)

(7)drawmap。该命令将产生某连锁群的图形文件(PostScript格式)

(8)system。该命令为在不退出MAPMAKER环境下执行系统命令,键入“exit。

1.5　完整遗传连锁图谱的绘制

将每次产生的各连锁群的PS(PostScript)锁图谱。第一种将每个PS,然后通过图形处理软件将第二种方法是进入WINDOWS后,运行:

C:\EXE

PS文件,然后用“copytoclipboard”命令将图形拷贝到剪贴版上,再启“paste”命令即可进行下一步常规的图象处理。

1.6　MAPMAKER3.0存在的主要问题

根据作者使用MAPMAKER3.0(forPC)以后,发现它主要有以下不足之处:(1)原始数据的格式要求太苛刻,且与常规数据的输入格式有较大的差距。增加了遗传图谱构建研究者在原始数据文件(特别是大量的数据)制备中的难度和工作量。(2)图形输出的格式不通用且不能绘制整张遗传图谱。造成图形处理上的复杂和难度,以致一般计算机使用者(特别是没有很好的图形处理基础)很难去绘制连锁图谱。(3)缺乏对原始数据的检查与分析(如标记的偏分离情况)。这将影响作图的精确性甚至产生错误的结果。(4)没有一个通用的数据接口,无法将构建遗传连锁图谱的数据进一步与数据库挂接,缺乏数据的可移植性和信息的交流。(5)命令行形式操作,界面不友善,没有经验的人很难使用。

2　图谱数据分析伴侣MDAC的研制

根据上述MAPMAKER3.0(forPC)中存在的主要问题,作者初步开发了图谱数据分析伴侣软件MDAC,给遗传图谱构建的研究者在建立符合MAPMAKER要求的原始数据文件以及对标记数据进行初步分析(偏分离情况)提供方便。MDAC目前具有以下特点和功能:

(1)按研究者习惯的通用数据格式(图2)在任何一个文本数据编辑器如EDIT、WPS、WORD、EX2CEL等输入数据,以文本文件保存。

locus1　G11G12

locus2　G21G22G1nT11T12G2nT21T22T1pT2p

　　……

locusm　Gm1Gm2CmnTm1Tm2Tmp

图2　通用数据输入格式

Fig.2　Theformatfordatainput

(2)对基因型的数据输入时,可以用“0

”“、1”等字符输入,不必输入英文字母。软件会自动转换。(3)自动对原始数据进行检查,一旦发现错误即提示用户进行修改。

(4)对标记是否符合规定的分离比进行卡平方检验。

(5)用户按图2的通用格式输入数据保存为文本文件后,运行MDAC并按菜单提示操作,最后可得到3个输出文件:

　i)标记分离比卡平方检验结果;

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