动物遗传育种

中国畜牧兽医　2007年第34卷第4期

遗传繁育 67

SSCP技术用于牛mtDNA多态性检测的可行性研究

孟彦1,2,许尚忠1,3,昝林森3,高雪1,任红艳1,陈金宝1

(1.中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,北京　100094;

2.中国水产科学研究院长江水产研究所,荆州　434000;3.西北农林科技大学动科学院,杨凌　712100)

摘要:采用SSCP方法对523头牛线粒体DNA的D2loop序列和12SrRNA基因序列进行多态性研究,再结合DNA直接测序技术发现D2loop序列的SSCP结果与直接测序结果不相符,而12SrRNA的SSCP检测结果与测序结果相同,结果发现对于高变异率片段如线粒体DNAD2loop片段,不适合用SSCP方法进行多态分析;而对于比较保守的片段,如12SrRNA片段适合用SSCP进行多态性分析。

关键词:SSCP;牛;线粒体DNA;多态性;可行性

中图分类号:Q75　　　　　文献标识码:A　　　　　文章编号:167127236(2007)0420067205

　　单链构象多态性(single2strandcomposition

polymorphism,SSCP)是目前广泛用于分析分子种群生物学特征、片段的分型等的一种有效分子标记方法的一种筛查方法(Orita等等,2001)。电泳中,性为单链,而单链DNA,更主要的是取决于DNA单链间所形成的构象。在非变性条件下,DNA单链内部可以折叠形成具有一定空间结构的构象,这种构象是由DNA单链的碱基排列顺序所决定,其稳定性依靠分子内部的相互作用(主要为氢键)来维持。所以即便是相同长度的DNA单链都会因其碱基顺序不同,甚至单个碱基的改变造成单链空间构象产生变化,引起单链在凝

收稿日期:2006208207

作者简介:孟彦(1979-),女,陕西人,硕士,研究实习员,研究方

向:生物技术研究与应用。

通讯作者:许尚忠(1950-),研究员,博士生导师,主要从事分子

遗传与家畜育种方面的研究。E2mail:simmenta@

;Tel:010262890940

,即单链(),2000)。哺乳动物、、进化速度快、母系遗传和无组织特异性等特点(Zhao等,2004),目前成为研究动物母系起源进化、系统发育、亲缘关系、基因流动的重要标记物(施燕峰等,2003;牛屹东等,2001;Research,2006;Michael等,2003),尤其是进化速度快的D2loop序列、ND5和cytb基因。目前,将SSCP方法

用于线粒体DNAD2loop区多态检测研究较少。

本试验选取523头牛mtDNA基因的D2loop序列和12SrRNA基因部分序列,利用SSCP多态性检测其核苷酸变异,再结合DNA序列测定,探讨SSCP技术在不同变异速度基因多态性分析中应用

的可行性。1　试验方法1.1　试验牛血样采集　本试验涉及15个不同牛品种,其采集地点分布在全国7个省、市、自治区,所采集样品地点、数量、时间见表1。每头牛静脉采血10ml,ACD抗凝(ACD∶血=1∶6),低温快速送回,-20℃保存待用。

nuclearcellsbyporcinereproductiveandrespiratorysyndromevirus[J].JGenVirol,2003,84:453～459.

7　WattrangE,AlmqvistM,JohanssonA,etal.Confirmationof

QTLonporcinechromosomes1and8influencingleukocytenumbers,haematologicalparametersandleukocytefunction[J].AnimGenet,2005,36(4):337～345.

8　ZhaoSH,RecknorJ,LunneyJK,etal.Validationofafirst2

generationlong2oligonucleotidemicroarrayfortranscriptionalprofilinginthepig[J].Genomics,2005,86(5):618～625.

基金项目:优质鲁西牛新品系选育技术研究(2002AA242011)。

4　ReinerG,MelchingerE,KramarovaM,etal.Detectionof

quantitativetraitlociforresistance/susceptibilitytopseudora2biesvirusinswine[J].JGenVirol,2002,83(1):167～172.5　SironenA,ThomsenB,AnderssonM,etal.Anintronicinser2

tioninKPL2resultsinaberrantsplicingandcausestheimmotileshort2tailspermdefectinthepig[J].ProcNatlAcadSciUSA,2006,103(13):5006～5011.

6　SuradhatS,ThanawongnuwechR,PoovorawanY.Upregula2

tionofIL210geneexpressioninporcineperipheralbloodmono2