由此造成资源短缺、环境恶化和以“非典”和禽流感为代表的传染性疾病流行,因此中国把资源和环境问题作为主要的非传统安全,再加上恐怖主义、民族分裂势力和宗教极端势力“9·11”后在我国周边有所抬头,所以打击这三股势力也成为我非传统安全的重要内容。由于国情不同,不同国家对非传统安全的关注点不同,因此在合作层面有不同的侧重,由此也在不同程度上降低了在某些具体领域的合作的意愿和动力。中日韩对个别问题领域作为传统安全还是非传统安全判定的歧异,突出表现在朝核问题上。日本认为,朝核问题就是核武器扩散,是典型的非传统安全问题。而中国和韩国则认为,朝核问题是传统安全的延伸,国际社会在处理朝核问题时应该兼顾朝鲜合理的安全关切。上述认识上的差异在一定程度上成为中日韩非传统安全合作的障碍,导致三国非传统安全合作的复杂化和紧张化局面。

第二,中日韩非传统安全合作受传统安全影响较大，三国更关注其主权安全问题。区域性合作，在实质上具有主权让渡性。因此，各国出于自身利益的考虑，必然会采取相对保守的政策。

多数非传统安全问题本身就是从传统安全环境和问题中逐渐演变或衍生出来的,因此非传统安全与传统安全有着密不可分的相互关联性。一方面,非传统安全问题一旦被激化,便会引发国家间冲突,导致采用传统安全的军事手段来解决。以能源安全为例 ,时至今日,共同开发能源的合作迟迟未能有效展开,最主要的原因就是这其中更多地涉及到了领土争端。目前,中国在东海、南海部分岛屿归属问题上与日本还存在着较大的分歧,双方还没有达成共识,使得该地区大规模共同开发能源的合作一直没有突破性的进展,在一定程度上影响了能源安全问题的解决,也随时有可能因为能源的争夺而爆发传统安全上的军事冲突。另一方面,三国普遍存在的传统安全合作的困境,也在相当大程度上影响了非传统安全深层次合作的开展。由于历史和现实原因,彼此间的认同低,信任度不高,特别是中日之间呈现出既合作又相互防范的态势。

第三、直至目前，大多数多边合作只停留在建立软性的机制、发表宣言和对话等基础上，而加强司法合作等实际行动却不多见。

虽然中日韩三国在非传统安全领域的合作已经起步，并在某些方面取得了一些成绩，但总的看来，三国非传统安全合作尚未充分机制化，许多合作还停留在论坛讨论层面，成果主要体现为各种倡议、宣言、会议等等，从而使这种合作未能发挥其应有的功能。这与三国缺乏政治意愿、机制能力不强，以及缺乏法律约束有关。随着非传统安全在地区安全中地位的上升，建立一个完善的中日韩非传统安全合作机制势在必然。当务之急，应尽快在重点领域形成一套具体的、细致的合作规范，使非传统安全合作机制化、法制化，尤其是在危机防控方面的机制化和法制化，从“防”的角度来遏止各种威胁和危机的出现。

第四、来自区域外美国的压力。这是美国主导的全球体系与地方大国主导的区域化体系的矛盾体现。

美国是当今世界唯一超级大国,不仅需要维护自己在东亚地区广泛存在的政治、经济和安全利益,而且美国认为它在东亚的存在也是保持东亚区域稳定的重要因素,既可以防止经济大国日本走向重新军事化,也可以遏制不断崛起的中国对本地区的潜在威胁。因此,美国担心中日通过安全领域的合作对话,走上一个排斥美国的东亚一体化道路,对美国的东亚利益构成威胁。因此美国总体上是不希望看到东亚区域主义的发展,特别是由中日主导带有排斥性的地区主义的发展。这成为双方非传统安全合作进一步深化的结构性障碍。

第五、“第二轨道”动力不足。

“第二轨道”提出敏感的战略性建议，避开了政府官方对话的艰难选择。同时，由于“第二轨道”途径没有形成机制，参与者有了对各种观点进行详细审查的更大回旋空间，使这些观点成为对政府更具说服力更值得关注的建议。但东亚“第二轨道”外交也面临困境：渠道不多；经费不足；活动能力欠缺；政府官员的参加使其独立性受质疑；所作决定不具约束力，