化学信息学董燕红dongyh@http:// 13520614816 QQ: 568759017中国农业大学理学院应化系1

授课提纲课次 学时 机时 1 2 3 4 5 6 7 8 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 内容 常用化学软件 及网络化学信息简介 ChemBioOffice使用介绍 使用介绍(1) 使用介绍 ChemBioOffice使用介绍 使用介绍(2) 使用介绍 ChemBioOffice使用介绍 使用介绍(3) 使用介绍 ChemBioOffice使用介绍 使用介绍(4) 使用介绍 CA及SCI数据库检索 及 数据库检索 文献管理及论文写作 QSAR及量子化学简介 及量子化学简介 备注 ChemBioDraw ChemBioDraw ChemBio3D ChemBioFinder

工作站室2

参考书1 精通 精通ChemDraw 胡立江 等 清华大学出版社 2002.4 2 计算机辅助药物分子设计 徐筱杰等 化学工业 出版社 2004.7 3 化学图文设计与分子模拟计算 刘江燕 武书彬编 著，华南理工大学出版社 2009.3 4 ChemOffice 2008 实用教程 曾炜 孙延辉 李红霞编 著 化学工业出版社 2009.93

生物

计算机

外语

现代 科学数理 化学4

常用化学软件简介

软件分类高精度能量计算 Gaussian03 MOLPRO2002 DFT计算 计算 Wien2K ADF 量化程序 Gaussian03 HyperChem7.5 MOLPRO2002 Jaguar Spartan Q-Chem GAMESS PQS Turbomol Orient Embed01 CAMO ADF Wien2K Crystals DGauss VASP(VAMP) deMon MacroModel 教学软件: 教学软件 HyperChem ModelChemlab Scivision Spartan 半经验程序 : Cache MOPAC AMPAC PCMODEL Alchemy ZINDO MicroAVS6

软件分类分子力学动力学程序 Amber GROMOS Materials Explorer 药物设计 Cache BioMedCache MFLineDataBase VisualCloning 图形界面软件 Chem3D GaussView3.0 AIM2000 NBO5.0 WebMO DLVisualize LenCrystal Orbdraw Molsuite 数据库搜索 ChemFinder MFLineDataBase TAPP 光谱软件 ACD/Labs NIST/EPA/NIH Mass Spectral Database 其它 COSMOtherm HASL NLREG Cenehubter EQs4win PRO-II MicroModel

ChemBioOffice 2010 (主要介绍 主要介绍) 主要介绍

ChemBioDraw Ultra 12.0

ChemBio3D Ultra 12.0 ChemBioFinder Ultra 12.08

ChemBioOffice发展历史 发展历史

ChemBioOffice2010模块

ChemBioDraw:化学结构绘图(Chemical Structure Drawing Standard) :化学结构绘图

ChemBio3D:分子模拟分析绘图(Molecular Modeling and Analysis) :分子模拟分析绘图

ChemBioFinder:化学信息搜寻整合系统(Searching & Information :化学信息搜寻整合系统 Integration)

4

ChemBioDraw Ultra 12.0 简介Designed for scientists, students, and scientific authors, Chem & Bio Draw 12.0 is a powerful yet easy-to use tool for producing a nearly unlimited variety of biological and chemical drawings. You can create your own drawings or use those provided in the vast library of available templates. Having completed a drawing, you can export it to a desktop publishing program, post it on a Web page, or store it in a database.

O

O

OH

OH

Fe

2-propanone 2 moles

4-hydroxy-methyl-2-pentanone 1 mole

ChemBioDraw Ultra 12.0 简介The ChemDraw Seri

esCambridgeSoft is proud to offer ChemDraw, a series of applications designed to help you create high-quality chemical drawings. The ChemDraw series includes ChemBioDraw Ultra 12.0, ChemDraw Ultra 12.0, ChemDraw Pro 12.0, and ChemDraw Standard 12.0. ChemDraw Standard 12.0 is designed for users who only need a fundamental method for drawing structures. However, if you need a more powerful application, one that is designed for creating advanced chemical structures and analysis, you may consider ChemDraw Pro 12.0 or ChemDraw Ultra 12.0. If you need an advanced drawing application that also includes the ability to draw biological structures and pathways, you will want to refer to ChemBioDraw Ultra 12.0. ChemBioDraw Ultra 12.0 includes all features that are available in the Chem & Bio Draw 12.0 Series and BioDraw Series.

ChemBioDraw Ultra 12.0 简介The BioDraw SeriesDesigned to complement the Chem & Bio Draw 12.0 Series, the BioDraw series of applications has been developed specifically for the biology and biochemistry communities of users. The BioDraw series includes: BioDraw Pro 12.0 BioDraw Ultra 12.0 ChemBioDraw Ultra 12.0 (also part of the Chem & Bio Draw 12.0 series) In addition to all the standard chemical drawing tools, the BioDraw series also includes tools specifically designed to illustrate biological pathway and biochemical structure. For example, use the BioDraw tools to describe binding sites for enzyme inhibitors, illustrate a tRNA structure, or create virtually any other biological drawing. Then, just as in the Chem & Bio Draw 12.0 series, you can export your BioDraw series drawings to your presentations, grant proposals, and publications.13

ChemBioDraw模块组件 AutoNom:是Beilsteiny最强的软件，现已包含于 最强的软件， : 最强的软件 现已包含于ChemDraw Ultra

的标准自动命名化学结构。 中，它可按照IUPAC的标准自动命名化学结构。 它可按照 的标准自动命名化学结构 ChemNMR:预测 谱图， :预测13C和1H-NMR谱图，节省实验费用。 和 谱图 节省实验费用。 ChemProp:预测沸点(BP)、熔点(MP)、临界温度(Tc)、 )、熔点 )、临界温度 ：预测沸点( )、熔点( )、临界温度( )、 临界气压( )、吉布斯自由能( )、 )、吉布斯自由能 )、logP、折射率(n)、热 )、热 临界气压(CP)、吉布斯自由能(G)、 、折射率( )、 结构( )等性质。 结构(HF)等性质。 ChemSpec:提示用户输入 频谱数据， :提示用户输入JCAMP及SPC频谱数据，以比较 及 频谱数据 ChemNMR预测的结果。 预测的结果。 预测的结果 ClipArt:高质量的实验室玻璃仪器图库，用于搭配 使用。 :高质量的实验室玻璃仪器图库，用于搭配ChemDraw使用。 使用 Name Struct:输入 化学名称后可自动生成ChemDraw结 ：输入IUPAC化学名称后可自动生

成 化学名称后可自动生成 结 构。

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ChemBioDraw Ultra 12.0 新增功能 Disulfide Bridges Bonding from Sequence Atoms Rotation Centers Export to SVG Struct>Name Improvements Name>Struct Improvements

ChemBioDraw Ultra 12.0 新增功能

Enhanced Color Palette Advanced BioDraw Templates More Versatile Nicknames ChemScript Support Customize NMR Data