作者：章有知

2014-06-08

长春师范大学生命科学学院

迄今为止最为实用的Mapmaker3.0软件中文说明书完整版

我这里有完整的mapmaker3.0程序，包括mapm3pc1 and mapm3pc2.如有需要，请联系qq：154492025。

一.软件准备工作：

在win xp的系统下，下载mapmaker3.0的压缩包，解压缩后有两个程序：mapm3pc1 and mapm3pc2。将这两个程序放在C盘的根目录下，装在一个文件夹中，（win7的还没搞明白，反正这么解压缩后装了用不了。）分别点mapm3pc1 and mapm3pc2进行安装。安装完后，在那一堆图标里，会有一

个和一

个

两个图标。进行标记的连锁图谱分析和绘制，点第一个

即可。（有的电脑得点2到3次，）会出现如下界面。

二.数据准备工作

这个网络上有讲的，《mapmaker3.0中文说明书》的最前边部分就是说这个的，不明白的上那里去看下。

我的补充：以文本格式保存的数据，在命名后，要进行一下改动，如你命名

为

，那么把名中的.txt去掉（必须是xx.raw格式）。这时系统会提示

点是就行了。不去掉txt，mapmaker不会读取数据。会显示：

。

如果成功读取数据，则mapmaker会显示

好，正式开始！

第一步：启动mapmaker3.0

假设我们的文件为sample.raw（和英文版中的数据时一样的）

启动后，光标提示符前会有1>，代表你要输入的第一个命令的所在位置。输入：

1> prepare data sample.raw ,回车，会显示一些东西！自己操作吧！这个命令也可以用pd sample代替。命令的作用是：读取数据源。

2> photo tutorial.out ，回车，会显示一些东西！自己操作吧！命令的作用是：将在mapmaker中的操作都保存到tutorial.out的文件中。这种文件不会覆盖以前的，如果你下次仍然用tutorial.out保存操作的话，它会把你新的和旧的操作都保存在一起。

第二步：两点连锁法寻找连锁群

确定要将哪些标记进行连锁分析，然后按输入：

sequence locus1 locus2 locus3 ...，也可用s locus1 locus2 locus3 ..., 用数字表示的话，1 2 3 4 5....表示的是你的文本文件中依次从前到后的标记。这个命令确定了当前要进行分析的序列是哪些标记，所以在以后其他的分析中，要对s重新定义。 如对sampled data中的全部12个基因座进行两点检测，则输入：

3>sequence 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12（有时候，你的标记数远不止这些，那么请输入：s all），回车。会显示一些东西！自己操作吧！

然后进行分群，输入：

4> group，回车。显示：

Linkage Groups at min LOD 3.00, max Distance 50.0

group1= 1 2 3 5 7

-------

group2= 4 6 8 9 10 11 12

将我们的数据分成了两个连锁群，group1 and group2。

第三步：连锁群图谱排序

对连锁群内标记或者基因座之间的可能顺序进行排序，找到最好的排列顺序。

命令：5> sequence {1 2 3 5 7}(大括号代表里边的标记不固定顺序，不加大括号则代表固定顺序，当然也可以用s {group1}命令)，回车后出现：

sequence #2= {1 2 3 5 7}

命令：6> compare,回车后出现：

Best 20 orders:

1: 1 3 2 5 7 Like: 0.00

2: 3 1 2 5 7 Like: -6.00

3: 5 7 2 3 1 Like: -20.20

4: 5 7 2 1 3 Like: -26.26

5: 2 5 7 3 1 Like: -27.25

6: 2 5 7 1 3 Like: -28.39

7: 2 3 1 5 7 Like: -28.85

8: 5 2 3 1 7 Like: -32.33

9: 2 1 3 5 7 Like: -34.12

10: 5 7 1 3 2 Like: -35.55

11: 5 2 1 3 7 Like: -37.61

12: 1 3 5 2 7 Like: -37.76

13: 3 1 5 2 7 Like: -39.09

14: 5 7 3 1 2 Like: -40.38

15: 1 3 5 7 2 Like: -40.87

16: 3 1 5 7 2 Like: -41.55

17: 5 2 7 3 1 Like: -43.67

18: 5 2 7 1 3 Like: -44.78

19: 5 1 3 2 7 Like: -47.63

20: 2 5 3 1 7 Like: -52.28

order1 is set

（N个标记的话，会有N!/2 种可能的排列顺序，所以如果N大于6时，这个分析就比较费劲了）。

至此，我们知道：1 3 2 5 7 是最好的排列顺序。

第四步：显示遗传图谱

这个里边用到的是map命令，它也会对每个排序的最大似然比进行计算，和compare命令中显示的一样，只不过compare中显示了最有可能的20个。然后，将最大可能性的排列显示出来，并带有图距。经过上边的操作后，我们知道1 3 2 5 7 是最好的排列顺序，所以只需将1 3 2 5 7 进行定义即可。

7> sequence 1 3 2 5 7

sequence #3= 1 3 2 5 7

8> map

=====================================================================

Map:

Markers Distance

1 T175 4.2 cM

3 C35 15.0 cM

2 T93 11.9 cM

5 C66 12.2 cM

7 T50B ----------

43.2 cM 5 markers log-likelihood= -424.94

====================================================================

另外，这里需要说明的是：在compare命令后，log-likelihood的值是0.00，而在这里则是-424.94，前者是两点算法产生的结果；后者是多点算法产生的结果。以T50B为开始，C66与其相距12.2cM，T93与C66相距11.9cM，以此类推。把这些数据输入到刘仁虎的map draw中，可以得到如下所示的遗传图：

稍微大点的连锁群的作图

这种连锁图的处理方法是求其子集。原则：（1）尽可能少的缺失数据；（2）不要很多空间上挨得很近的标记。

要查看一个连锁群中标记的一些数据信息，请输入：list loci命令。要查看哪些标记离的比较近，请输入：lod table命令 …… 此处隐藏：13793字，全部文档内容请下载后查看。喜欢就下载吧 ……