识模糊，相关法律知识匮乏，在现实上导致绝大多数基层行政机关对两法衔接认识不足。

2、利益驱动。当前我国基层部门尤其是欠发达地区基本上都是吃饭财政，从而导致在行政执法过程中地方主义、部门主义盛行，为了部门利益、小集体利益，以罚代刑，大事化小，小事化了成为普遍现象。

3、案件流失。应该说这在全国是一个普遍现象，由于对两法衔接认识不足，相关刑法、刑诉法知识匮乏，导致在行政执法过程中，对相当一部分本应构成犯罪的案件，因人为因素搁浅。而目前检察机关的监督大多数情况属于事后监督，且行政机关在执法过程中依法获取的证据在刑事诉讼中不具有法律效力，致使部分案件因时过境迁丧失形势取证条件，从而导致案件流失。

（二）检察机关方面存在的问题

1、存在畏难情绪。由于目前我国现行体制的原因，检察机关尤其是基层检察机关，其自身的人事、财政等诸多方面要依靠地方党委政府，事实上检察权的不独立，必然导致在监督行政机关行政执法行为的过程中缩手缩脚，不愿、不敢监督的现象时有发生。

2、集中执法弊端。由于当前两法衔接相关法律体系尚未真正建立，导致基层两法衔接工作目前尚不能够做到执法常态化。且当前两法衔接工作在大多数情况下，是根据上级检察机关的的部署集中开展的，这势必影响两法衔接工作的效果，不利于执法常态化建设。