分子生物学专业软件DNAMAN使用方法介绍(5)

生命科学专业软件DNAMAN使用方法介绍

要比较两个序列，可以使用DNAMAN提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision （点矩阵比较）通过Sequense/Dot matrix comparision命令打开比对界面，如下图：

点击对比界面左上角的

按钮，出现下列对话框：

参数说明如下： Sequence type 序列类型

Sequence 1 参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：如果要比对的序列在Channel中，点击下拉箭头，选择相应的Channel，则被选中的Channel中的序列作为参加比对的第一序列；也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File选择框上点击即可。通过Length选择参加比对的序列片段。

Sequence 2 参加比对的第二序列选择框；选项说明同上

Show Sequence 选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性；（此功能未见） Annotations 是否显示注释

Comparision 比对参数，其中Window代表Window size（单位比对长度），Mismatch代表Mismatch size（单位比对长度中许可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。Both stran代表Both strand（双链比对）选择此项，是指用Sequence 2中的序列的正链和负链分别和Sequence 1 比较。Sequence 2 正